Klimatyzacja pomieszczeń czystych, czyli takich, w których wymagania co do czystości powietrza są wyjątkowo zaostrzone jest szczególnym rodzajem klimatyzacji precyzyjnej. Stosuje się ją na przykład w przemyśle farmaceutycznym lub spożywczym lub w salach operacyjnych szpitali. Cechuje ją bardzo wysoka skuteczność filtracji zanieczyszczeń i zachowanie sterylnych warunków.

W salach operacyjnych najczęściej stosuje się strop laminarny. Dzięki odpowiedniej konstrukcji stropu zapewnione jest doprowadzenie powietrza o wysokiej czystości, w sposób zapewniający utrzymanie właściwych parametrów komfortu cieplnego. Dzięki zastosowaniu przepływu laminarnego ogranicza się indukowanie powietrza z pozostałej części pomieszczenia, nie objętej oddziaływaniem stropu laminarnego. Zanieczyszczenia wypierane są z pola operacyjnego. Strumień powietrza jest stabilny niezależnie od ruchu osób znajdujących się w jego obszarze. Po przejściu przez filtry HEPA sterylne powietrze jest nawiewane na obszar obejmujący sprzęt medyczny, taki jak: stół operacyjny, zespół operujący i instrumenty operacyjne, wytwarzając sterylną strefę ochrony przed zanieczyszczeniami.